Die Abteilung Gesundheitsschutz arbeitet im Dienste der Gesundheit der Zürcher Bevölkerung: Das Lebensmittel-inspektorat kontrolliert die rund 4300 Betriebe (Restaurants, Take aways, Kinderkrippen und – horte, Lebensmittelgeschäfte, Personalrestaurants, Bäckereien, Metzgereien, Wochenmärkte usw.), damit die Zürcher Bevölkerung nur Einwandfreies auf den Teller und in den Einkaufskorb bekommt.
 
Die Beratungsstelle Schädlingsbekämpfung beantwortet Anfragen zu Schädlingen und harmlosen Freilandinsekten, macht Inspektionen vor Ort und bekämpft Ratten auf öffentlichem Grund. Sie informiert die Bevölkerung über die aktuelle Schädlingssituation. Im Spätsommer und Herbst bietet die Abteilung Gesundheitsschutz eine kostenlose Pilzkontrolle an. Im Auftrag der Abteilung Gesundheitsschutz wird regelmässig die Wasserqualität der öffentlichen Badeanlagen untersucht.