Der WFD führt im Auftrag von Bundesstellen die Spurensicherung und Spurenauswertung bei Ereignissen, die unter Bundesrecht fallen (insbesondere Sprengstoffdelikte), in der gesamten Schweiz aus. Der WFD untersteht administrativ der Stadtpolizei Zürich und ist dem Wissenschaftlichen Dienst der Stadtpolizei Zürich angegliedert. Gemäss Vertrag zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Stadt Zürich dient er zur polizeilich-technischen Unterstützung der eidgenössischen Polizei- und Sicherheitsdienste sowie der Strafverfolgungsorgane des Bundes.

Die finanziellen Aufwendungen für den WFD werden der Stadt Zürich durch den Bund vergütet. Daher ist das Aufgebot des WFD für die vom Bund bezeichneten Aufgaben für alle Kantone kostenlos. Ebenfalls stehen die Entschärfer des WFD allen Kantonen zur Sicherstellung und Unschädlichmachung von unkonventionellen Spreng- und Brandvorrichtungen (USBV) sowie USBV-verdächtigen Gegenständen mit einer entsprechenden Ausrüstung kostenlos zur Verfügung.

Der Beizug des WFD durch die kantonalen Polizeistellen bei Vorkommnissen mit Sprengmitteln und Pyrotechnika (Delikte und Unfälle) ist in der Richtlinie des Direktors des Bundesamtes für Polizei (fedpol) vom 16. Juni 2005 grundsätzlich geregelt.

Neben der Fachkompetenz im Bereich Sprengmittel und Pyrotechnika verfügt der WFD über Spezialisten auf dem Gebiet der Entwicklung, Erprobung, Begutachtung und Evaluation von polizeilichen Einsatzmitteln und Schutzmaterialien gegen Waffenwirkungen. Weiter kann der WFD in den Bereichen Papiermaterialien, Dokumente, Textaufzeichnungen, Umschläge und Datenträger für materialanalytische Untersuchungen, Rekonstruktionen und Expertisen beigezogen werden. Solche Aufträge werden dem Auftraggeber in der Regel verrechnet.