Die Wasseraufbereitung soll umweltschonend und nachhaltig sein. Auch unter ungünstigen Bedingungen – Seewasser enthält Fremdstoffe und ist den Gefahren einer Verschmutzung durch Chemieunfälle ausgesetzt – muss einwandfreies Trinkwasser produziert werden können.
Mit der Natur nachempfundenen Verfahren wie der Filtration und dem biologischen Abbau durch Bakterien, der Minimierung von Chemikalienzusätzen und der Benutzung von rückstandsfrei abbaubaren Chemikalien arbeitet das Seewasserwerk nach ökologischen Gesichtspunkten. Die sieben Stufen der Aufbereitung bilden ein Multibarrierensystem: Bei starker Belastung durch Wasserverschmutzung oder Ausfall einer Stufe sorgen die verbleibenden immer noch für einwandfreies Trinkwasser.
17 Schnellfilter sorgen für eine erste Reinigung, die Partikel ausfiltriert. Bei den verschiedenen Ausbauten des Werks zur Leistungssteigerung wurden die Filter umgebaut und ihre Anzahl vergrössert. Heute widerspiegeln im Seewasserwerk Moos drei Generationen von Schnellfiltern die technische Entwicklung. Alle 14 Tage reinigt eine Rückspülung das Filtermaterial von angesammeltem Schmutz. Die 16 Langsamsandfilter mit einer Gesamtfläche von 18 200 Quadratmetern übernehmen die Feinreinigung und halten auch Keime zurück. Deshalb fliesst hier das Wasser 20 Mal langsamer als bei den Schnellfiltern. Das etwa 80 Zentimeter hohe Filterbett ist aus Seesand verschiedener Körnung aufgebaut.
Da Ozon absolut rückstandsfrei ist, erweist es sich als ideales Oxidationsmittel für die Trinkwasseraufbereitung. Es tötet Bakterien, Sporen, Zysten und Viren sowie andere im See vorkommende Kleinlebewesen (pflanzliches und tierisches Plankton) ab. Organische Schadstoffe werden durch Ozon zerstört. Dazu gehören auch Stoffe, die Farbe, Geruch und Geschmack des Wassers beeinträchtigen. Nach der Ozonung ist das Wasser bestens für die anschliessende Filtration durch Aktivkohle vorbereitet. Da Ozon ein Atemgift ist, wird die Abluft aus allen Anlagenteilen mit ozonhaltiger Luft gefasst und in speziellen Anlagen zur Ozonvernichtung behandelt.
Eine besonders wichtige Aufgabe erfüllen Bakterien, die die Aktivkohle und die oberste Schicht des Langsamsandfilters besiedeln. Sie entziehen dem Wasser alle biologisch abbaubaren Substanzen und nutzen sie als Nährstoff für ihren Stoffwechsel. In diesem nährstoffarmen Wasser können keine Bakterien mehr wachsen, das Wasser ist biologisch stabil. Als letzte Aufbereitungsstufe sorgt die UV-Desinfektion für Sicherheit, bevor das Trinkwasser über das Reinwasserreservoir in das Leitungsnetz abgegeben wird.
Die fünf Aktivkohlefilter erfüllen verschiedene wichtige Funktionen. Auf den Aktivkohlekörnern siedeln sich wasserreinigende Bakterien an. Ausserdem wird hier das nach der Ozonung noch im Wasser verbleibende Ozon wieder in Sauerstoff umgewandelt. Die Aktivkohle wirkt auch als Sicherheitsbarriere: Sollte es als Folge eines Unfalls zu einer Verschmutzung des Seewassers mit organischen Substanzen wie Benzin, Phenol oder Lösungsmitteln kommen, werden diese Stoffe durch Adsorption zurückgehalten.