Die Jugendlichen vertiefen und erweitern die Kompetenzen, die sie in der Primarschule erworben haben. Dadurch werden die Voraussetzungen geschaffen, um eine Berufsausbildung oder eine weiterführende Schule zu absolvieren.
Die Volksschule folgt dem Lehrplan 21.
Die Unterrichtsbereiche sind: Sprache; Mathematik; Natur, Mensch, Gesellschaft; Gestaltung; Musik, sowie Bewegung und Sport. Daneben beschreibt der Lehrplan die Kompetenzen für die Module «Medien und Informatik» und «Berufliche Orientierung» sowie zu «Bildung für nachhaltige Entwicklung» und «Überfachliche Kompetenzen».
Sprachen: Die in der Primarschule erarbeiteten Kompetenzen in Deutsch, Englisch und Französisch werden in der Sekundarschule weiter ausgebaut. Italienisch kann als 3. Fremdsprache in der 3. Sekundarklasse gewählt werden.
Natur, Mensch, Gesellschaft (NMG): In der Sekundarschule wird MNG auf die vier Bereiche Natur und Technik (NT), Wirtschaft, Arbeit, Haushalt (WAH), Räume, Zeiten, Gesellschaften (RZG) und Religion, Kulturen, Ethik (RKE) aufgeteilt.
Berufliche Orientierung: In der 2. und 3. Sekundarklasse enthält der Lehrplan das Modul «Berufliche Orientierung». Neben den Lehrpersonen unterstützen Berufsberater*innen vom Laufbahnzentrum die Jugendlichen bei der Wahl der passenden Anschlusslösung. Das Laufbahnzentrum bietet auch Eltern Beratung rund um den Berufswahlprozess an.
Die Lektionentafel unterscheidet sich in den drei Sekundarschuljahren jeweils leicht. Aufgrund der Standortbestimmung in der 2. Sekundarklasse setzen sich die Jugendlichen persönliche Schwerpunkte. Sie wählen für die 3. Sekundarklasse die passenden Wahlfächer aus und stärken ihre überfachlichen Kompetenzen mit der Abschlussarbeit im Projektunterricht.
In den verschiedenen Abteilungen bestehen in den Fächern Mathematik (MA) und Französisch (F) drei Anforderungsstufen. Die Stufe III stellt grundlegende, die Stufe II mittlere und die Stufe I erweiterte Anforderungen.
Die Sekundarschule führt die zwei Abteilungen A und B.
Die Abteilung A fordert von den Schüler*innen weiterreichende Kompetenzen, in der Abteilung B werden grundlegende Kompetenzen gefördert und gefordert. Schüler*innen mit besonderen Bedürfnissen werden in die Klassen integriert.

Die Abteilungen und Anforderungsstufen sind durchlässig.

Eine Umstufung erfolgt, wenn Leistungen und Gesamtbeurteilung zeigen, dass eine andere Abteilung oder eine andere Anforderungsstufe bessere Förderungsmöglichkeiten bietet.
Übertrifft ein*e Schüler*in die Anforderungen deutlich, ist ein Wechsel in eine anspruchsvollere Abteilung oder Anforderungsstufe angebracht. Das Gleiche gilt umgekehrt: Werden die Anforderungen nicht oder nur knapp erfüllt, kann ein Wechsel in eine weniger anspruchsvolle Abteilung bzw. Anforderungsstufe pädagogisch sinnvoll sein.
Das Zeugnis enthält die Zuteilung zur Abteilung A oder B und die Zuteilung zu den Anforderungsstufen I, II oder III in MA und F.
Die Kunst- und Sportschule Zürich (K+S) bietet musikalisch, tänzerisch oder sportlich ausserordentlich begabten und ambitionierten Schüler*innen eine intensive Förderung ihrer Begabungen. Neben der Sekundarschulbildung erhalten Absolvent*innen der K+S spezielle, auf ihre Begabung zugeschnittene Trainings.
Das Angebot Back to School bietet Jugendlichen der Sekundarschule für bis zu 12 Wochen eine Auszeit von der Regelklasse der Herkunftsschule. In der Regel absolvieren die Jugendlichen an zwei Tagen pro Woche ein Praktikum in einem Betrieb der Arbeitsintegration (Gewerbe und Industrie, Dienstleistung und Unterhalt, Gastronomie) der Stadt Zürich. An den übrigen Wochentagen besuchen sie den Schulunterricht in einer Kleingruppe. Die Jugendlichen sollen durch diese Massnahme positive schulische und praktische Erlebnisse erfahren sowie die aktuell anspruchsvolle Situation (schulische, persönliche und/oder familiäre Krise) bewältigen. Oberstes Ziel von Back to School ist die Reintegration in die Klasse der Herkunftsschule. Die Anmeldung erfolgt via Schulleitung.
Alle Sekundarschulen führen das Projekt LIFT. Jugendliche der 2. Sekundarklasse mit erschwerter Ausgangslage bezüglich Berufswahl können durch ein Betriebspraktikum am Mittwochnachmittag ihre Selbst- und Sozialkompetenzen stärken. In der Schule werden die Einsätze mit der Modulleitung vor- und nachbereitet.
«LIMIT» ist ein Lebenskompetenz-Kurs für Sekundarschüler*innen, die in der Schule wiederholt Grenzen überschreiten – sei es mit Regelübertretungen, durch aggressives Verhalten oder Stören des Unterrichts. «LIMIT» kommt zum Zuge, wenn schulinterne Massnahmen nicht ausreichen und die schulische Integration gefährdet ist.
Im Kurs entwickeln die Jugendlichen neue Strategien für den Umgang mit Anforderungen, aber auch im Umgang mit Lehrpersonen und Mitschüler*innen.