Energieforschung Stadt Zürich wurde von einem Steuerungsausschuss unter dem Vorsitz des Vorstehers des Departements der Industriellen Betriebe geleitet. Die weiteren Mitglieder waren Vertreter*innen verschiedener Departemente und Abteilungen der Stadt Zürich, der Forschung und der Wirtschaft. Der Steuerungsausschuss war zuständig für die strategische Führung, die Genehmigung von Forschungsprojekten, das Finanzwesen sowie für die Aufsicht der Geschäftsstelle.
Die operative Führung oblag der Geschäftsstelle von Energieforschung Stadt Zürich, welche im Mandat von der Firma econcept geführt wurde. Die Geschäftsstelle war unter anderem zuständig für das Management der Forschungsprojekte, die interne und externe Koordination sowie Kommunikation, die Qualitätssicherung, die Strategieentwicklung und die Berichterstattung.
Die einzelnen Forschungsprojekte wurden von städtischen Experten*innen der relevanten Fachbereiche unterstützt. Die Zusammensetzung der Gremien ist in den Jahresberichten von Energieforschung Stadt Zürich ersichtlich.