Von 1898 bis 1900 wurde das neue Stadthaus Zürich auf dem Grundstück zwischen dem alten Stadthausgebäude und dem Fraumünster erbaut. Dem Neubau mussten die Gebäude der ehemaligen Fraumünsterabtei mit dem Kreuzgang weichen. Als Ersatz für den verlorenen Kreuzgang rekonstruierte der beauftragte Architekt und damalige Stadtbaumeister Gustav Gull (1858–1942) einen neugotischen Portikus und eine mehrzeilige Eingangshalle. Die Elemente des romanischen Teils des alten Kreuzganges wurden für den Verbindungsbau zwischen Stadthaus und Kirche wiederverwendet.

Im Sommer 1921 wurde dem Zürcher Maler Paul Bodmer (1886–1983) im Rahmen eines Wettbewerbes die Ausmalung der ersten vier Felder dieses Durchganges übertragen. Eine Arbeit, die den Künstler schliesslich über zwanzig Jahre lang beschäftigten sollte. Von 1921 bis 1928 malte Bodmer die Gründungslegende des Fraumünsters in die ersten vier Felder. Darauf folgten weitere sechs Felder, die er in einem Direktauftrag der Stadt mit den Legenden der Stadtheiligen Felix, Regula und Exuperantius ausmalte und 1932 vollendete.

Von 1935 bis 1941 schliesslich konnte Paul Bodmer auch die Ausmalung des «romanischen» Teils des Kreuzganges übernehmen, den er der Legende von Karl dem Grossen und der Schlange, der Gründung der Stiftsschule durch Karl den Grossen, sowie der Übertragung der Reliquien von Felix und Regula ins Fraumünster widmete. Anders als die in satten Farben gemalten Bilder der Stadtheiligen sind diese Darstellungen zeichnerischer, fast grisaillehaft ausgeführt. In diesem helleren Teil des Kreuzganges, wo mehr Licht eindringt, scheint der Künstler auch eine leichtere Malweise eingesetzt zu haben. Trotzdem fügen sich die Wandbilder der beiden Kreuzgänge zu einem Ganzen, das «von einer Einheitlichkeit und Geschlossenheit gezeitigt (ist), wie es schöner nicht zu denken wäre.» So schrieb die Schweizerische Bauzeitung 1941 zur «Vollendung der Fresken Paul Bodmers».

Sein Bilderzyklus im Fraumünsterkreuzgang machte den Künstler Paul Bodmer sehr bekannt und es folgten zahlreiche Wandbildaufträge in kirchlichen und öffentlichen Bauten in Zürich und Umgebung. 1947 wurde Bodmer als erster Künstler mit dem Kunstpreis der Stadt Zürich ausgezeichnet.

Auch wenn die Wandmalereien Paul Bodmers als Fresken bezeichnet werden, ist es nicht so, dass die Malereien ausschliesslich «a fresco», also mit nass angesetzten Pigmenten auf den noch frischen Kalkputz ausgeführt wurden. Wohl war diese Malweise vorgesehen, aber es ist verschiedentlich zu lesen, dass Bodmer Mühe hatte bei der Erstellung eines reinen Freskos. Die Farbe trocknete zu schnell ab und erzielte nicht die beabsichtigte Verbindung mit dem Kalkputz. Dies hatte zur Folge, dass Paul Bodmer und sein Assistent Walter Gessner bereits 1957/1958 eine Gesamtrestaurierung der Arbeiten vornehmen mussten. Dabei scheute sich der Künstler auch nicht, einzelne Stellen zu übermalen. Für die Übermalungen verwendeten die beiden Maler eine Temperafarbe, die anders als die reine Freskomalerei mit Ei abbindet. Viele der späteren Probleme – etwa das Abblättern oder Reissen der Malschicht – sind auf die Vermischung dieser beiden unterschiedlichen Malweisen zurückzuführen.

1980 bis 1984 wurden die Wandbilder durch das Atelier Marc Stähli, Auvernier, einer Gesamtrestaurierung unterzogen, da ein Abblättern der Malschichten und Feuchtigkeitsschäden die Fresken zu zerstören drohten. Im Zuge dieser Restaurierung wurde auch der Innenhof bepflanzt und der Eingang am Stadthausquai neu gestaltet. Vierzehn Jahre später waren weitere umfassende konservatorische Massnahmen nötig, weil die Bilder durch Vandalen beschädigt wurden. Die Arbeitsgemeinschaft IGA Archäologie Konservierung, Zürich führte diese Arbeiten 1998 durch.

Nicht nur die unterschiedlichen Maltechniken Bodmers, die die Farbe abblättern oder reissen lässt, auch klimatische Veränderungen und Umwelteinflüsse sind Gründe für die Schäden an der Wandmalerei: Besonders die Grundfeuchtigkeit, die in den Mauern des Kreuzganges vorherrscht, greift die Malereien an. Mit der Feuchtigkeit kommt auch Salz in die Wände, das dort kristallisiert und Flecken hinterlässt. Immer mehr sind auch äussere Einflüsse und ein unsorgsamer Umgang ein Problem für den Bilderzyklus, so etwa mutwillige Beschädigungen oder Urinieren an die Mauern des Kreuzganges.

Aufgrund der voranschreitenden Schäden und des labilen Zustandes der Fresken hat die Fachstelle Kunst und Bau vom Amt für Hochbauten im Jahre 2016 das Atelier Andreas Franz beauftragt, die Wandmalereien Paul Bodmers und die Schadensbilder systematisch digital zu kartieren und die Quellen zu den vorangegangenen Restaurierungsmassnahmen zu erschliessen. Mit den gewonnenen Informationen und Erkenntnissen wurde ein Restaurierungskonzept erarbeitet, welches aktuell ausgeführt wird. Im Rahmen dieses Projektes werden auch die schadhaften Sandsteinpartien im Kreuzgang saniert und die Grünflächen neu gestaltet.

Die digitale Kartierung der Wandmalereien wird es nach Abschluss des Restaurierungsprojektes erlauben, mittels eines Pflegeplans deren Zustand zu überwachen und regelmässige Wartungsarbeiten vorzunehmen. Damit können umfassende Restaurierungsmassnahmen wie beim aktuellen Projekt zukünftig vermieden werden. Das Hauptwerk von Paul Bodmer ist damit auch für kommende Generationen gesichert und erlebbar.