Affoltern gehört zum Stadtkreis 11 und grenzt an die Quartiere Seebach, Oerlikon, Höngg und, in kleinen Abschnitten, auch an Wipkingen und Unterstrass. Im Norden stösst es an die Gemeindegrenzen zu Regensdorf und Rümlang. Es ist der einzige Stadtrand Zürichs, der in die offene Landschaft übergeht.