Die Bekämpfung von eingeschleppten Pflanzen, die sich invasiv vermehren und einheimische Pflanzen verdrängen, sogenannte Problempflanzen oder Neophyten, ist eine Daueraufgabe der Stadt. Neophyten stellen eine ernste Gefahr für die heimische Pflanzenwelt dar, aber auch für die Gesundheit der Bevölkerung sowie für die städtische Infrastruktur. Sie müssen daher energisch und dauerhaft bekämpft werden.

Bei der Neophytenbekämpfung arbeitet Grün Stadt Zürich mit spezialisierten gemeinnützigen Vereinen zusammen, die sich ausserhalb des Markts bewegen und deren Beauftragung daher nicht unter dem Beschaffungsrecht steht. Für Aufträge an diese Vereine sollen jährlich Beiträge von bis zu 350 000 Franken bereitgestellt werden.

Für private Grundstücke, bei denen die rechtliche Grundlage zur Bekämpfung von Seiten des Bundes und des Kantons noch aussteht, hat Grün Stadt Zürich ein Anreizsystem zur Bekämpfung von Neophyten entwickelt. Private Grundeigentümerschaften erhalten einen Beitrag von maximal zehn Prozent der Kosten oder maximal 3500 Franken pro Bekämpfung.

Die bei der Bekämpfung gewonnenen Daten und die Geometrien der befallenen Flächen werden im Sinne eines Monitorings elektronisch erfasst und gesammelt.