Der Verwaltungsrat der AOZ ist das oberste Führungsorgan der AOZ. Die sieben Mitglieder sind vom Stadtrat der Stadt Zürich für die Amtsperiode 2022–2026 gewählt. Der Verwaltungsrat ist verantwortlich für die Steuerung der Organisation sowie die Aufsicht und Kontrolle der Geschäftsführung. Grundlagen für seine Tätigkeiten bilden u. a. die Gemeindeordnung der Stadt Zürich, die AOZ-Verordnung, die vom Stadtrat der Stadt Zürich verabschiedete Eigentümerstrategie und der Leistungsauftrag der Stadt Zürich. 

Der Verwaltungsrat verfügt über zwei ständige Ausschüsse, den Finanzausschuss und den HR-Ausschuss.