Die Partizipation der Schüler*innen ist der Schule Wollishofen-Im Lee ein wichtiges Anliegen. Durch verschiedene Möglichkeiten und Konzepte der Mitwirkung können die Schulkinder den Lebensraum Schule aktiv mitgestalten.

Einmal im Jahr findet der Wollishofertag statt. Delegierte aus jeder Klasse treffen sich in Sitzungen der Arbeitsgruppe «Wollishofertag», um das Programm inhaltlich und strukturell zu organisieren. Jede Klasse gestaltet partizipativ einen Programmpunkt für diesen Anlass.